El ecosistema está representado por los organismos vivos y el medio. Los dos interactúan entre ellos en un "sistema oasis" creado por la piedra en seco en el interior de un paisaje árido típico, dónde la piedra misma establece condiciones de humedad y de vida. En general, en un ecosistema de medio abiótico (sin vida) constituido por el terreno, el agua y el aire, actúan factores físicos y químicos (temperatura, humedad, presencia de substancias nutritivas) que representan el hábitat dónde se desarrollan organismos, plantas y animales, en otras palabras la flora y la fauna. En el territorio en el cual se ha extendido la arquitectura de piedra en seco, coincidiendo en la Puglia con la alta meseta de las Murgia sur-orientales (Murgia de los Trulli), los bosques representan el hábitat natural de muchas especies de plantas y de animales. La riqueza biológica de los bosques, que proviene de la antigua práctica de tala de árboles para obtener tierra cultivable, está representada ante todo por los bosques de robles que se diferencian según el nivel en el cual están situados. Sobre las faldas de las Murgia de los Trulli se pueden encontrar encinas, Quercus ilex L., alcornoques, Quercus suber L., y frecuentemente asociados y compartiendo superficies, el roble espinoso, Quercus coccifera L.. En las partes más bajas, más allá de la encina, aparece la "roverella", Quercus pubescens Wild. El roble más representativo del territorio es el "fragno", Quercus trojana Webb, que en el pasado constituía un sistema único con el de la península balcánica,

El "fragno" es una especie característica del paisaje de las colinas en el interior de las Murgia. El "Fragno", al no germinar, tolera temperaturas bajas en invierno y se puede distinguir de las otras especies que conservan las hojas en esa estación, Foto n.4, Durante la fase vegetativa primaveral, el "fragno" necesita bastante agua. Esta queda asegurada por las abundantes lluvias de ese período, mientras que en el período estival, al ser una planta xerófila, puede soportar la ausencia prolongada de precipitaciones. En los bosques se encuentran, además de robles, otras especies arborescentes, aunque con menos frecuencia. Entre estas especies destacan: el alaterno, el algarrobo, el peral "mandorlino" ("calaprice"), el madroño, el cerezo salvaje, el laurel, la higuera, así como el nogal y el castaño que están presentes por toda la zona, aislados en los campos sembrados, y de los cuales se obtienen frutos y un bosque de cierto valor. La maleza está constituida por las especies siguientes: el majuelo común, el lentisco, las rosas de San Giovanni, la ginesta común, la peonía, y en algunas zonas el "carpino" oriental y el negro. En las zonas en las cuales la "macchia" se transforma en carrascal ("garriga") se encuentran: el mirto, la ginesta espinosa, el "cisto", el "pungitopo", el espárrago, el acanto, la zarza y el asfódelo. Muy frecuentes son también las distintas especies de ciclamen sobre capas de humus y las orquídeas salvajes presentes ellas también en la Murgia Norte-occidental (Murgia Alta). Existen alrededor de veinte mil especies de orquídeas en el mundo entero, de formas y colores muy diferentes. En Italia se encuentran alrededor de unas sesenta y en particular en la Murgia de los Trulli, una docena de ellas.