Otro elemento del ecosistema del paisaje de la piedra en seco difícilmente observable en comparación con la vegetación, es el del mundo animal que vive de manera permanente o temporal, en los bosques del territorio. Se pueden identificar mamíferos pertenecientes a todos los principales órdenes italianos, excluyendo a los cérvidos como los gamos, ciervos y corzos cuya presencia a lo largo de los siglos pasados queda no obstante atestada históricamente, cuando el bosque estaba sensiblemente más extendido. En los relatos de cazas de los condes y señores feudales que nos ha legado la historia, se habla de toda clase de caza menor y mayor, en particular del jabalí, raza muy presente en los bosques de las Murgia en ésos tiempos. Hoy en día prácticamente ha desaparecido, excepto en algunas fincas, dónde la pasión de algunos agricultores por estos animales ha introducido su cría. Otro tipo de ganadería que ha existido desde tiempos remotos es la de una raza equina muy específica: el caballo murgese, de origen confuso.

El hábitat de madera y los espacios ricos en elementos de piedra en seco, permiten la preservación de estas razas, a pesar de que las estructuras ya no tengan las funciones de trabajo o transporte de antaño, sino únicamente con fines turísticos, de tipo :adiestramiento, atamiento y equitación en el campo. Una raza de la misma región, pero con grandes riesgos de extinción, es el asno de Martina Franca, que fue durante un tiempo objeto de comercio, también con los países extranjeros, y que tiene la particularidad de ser un animal de carga.

El mamífero más conocido, más presente y, en cierto modo, más temido de los campesinos, es el zorro. Este animal presenta una reproducción natural muy estable, más que cualquier otra especie. No obstante se puede decir que probablemente ciertos estudios eco-etnológicos desmientan pronto el mito de su célebre nocividad contra las actividades avícolas así como su peligrosidad contra la cría de aves, ya que estas ni siquiera forman parte de los alimentos más comunes de este animal. La característica principal de esta raza es su piel de alta calidad. En el territorio de las Murgia, las prendas de producción local que se hacen a partir de estas pieles se guardan celosa e incluso vanidosamente.

Por otra parte, documentos históricos y leyendas hablan de la presencia del lobo en el territorio de la Murgia así como de los intentos de los campesinos (lupari) para cazarlos. Hoy en día en esta zona ya no existe. Un ejemplar de lobo fue abatido por cazadores en el territorio de Alberobello y Noci en 1958, y fue luego colgado en el porche del Ayuntamiento de la Ciudad de Alberobello como un trofeo, tal y como lo explicó un ciudadano que asistió a ese acontecimiento. Otros animales representativos de la fauna de bosque de la Murgia de los Trulli son: el erizo, especie considerada protegida y que ocupa un papel esencial en relación con el equilibrio biológico del ecosistema del bosque y de los medios agrícolas adyacentes, ya que es un predador de insectos nocivos y de gusanos, la comadreja y la garduña, especies consideradas carnívoras y que se encuentran con frecuencia.

Los reptiles, liebres y conejos se nutren principalmente de hierba, pequeñas y grandes ratas. Las liebres y los conejos salvajes están presentes en la zona en menor abundancia, debido o a una selección natural, o a la reducción brusca de ésas especies que provocó la práctica deportiva de la caza. El topo, muy difundido y notablemente herbívoro, puede provocar daños en los huertos y los jardines de las granjas. Probablemente también se encuentre en el Bosque de las Pianelle en el territorio de Martina Franca. El que difícilmente se puede encontrar a causa de su discreción, es el erizo y el pequeño mustiolo que también están presentes en dicho bosque. Al contrario es fácil encontrar, particularmente durante los cálidos días de verano, algunas especies inofensivas de reptiles y anfibios; el sapo común verde, el tritón de cresta itálico, la tortuga común, el ramarro, la lagartija campestre el luscengola, el biacco negro, el columbro leopardino y el cervone. Otras especies de animales están presentes en el hábitat de los bosques; entre otros se puede citar los chirotteri y, en particular, el rinolfo mayor. Es considerable la atención que dedican los especialistas del mundo entero hacia su función.

El interés por estos mamíferos (el chirotteri y el rinolfo mayor) deriva del papel que estos juegan en el ecosistema, como reguladores de poblaciones de algunas especies de insectos. Como se encuentran en peligro de extinción, los chirotteri han sido incluídos en la Convención de Bonn como especie protegida; la Convención fue firmada en Italia en 1970 y ratificada a través de la ley nº25/83.

La fauna avícola de los bosques locales es muy rica y comprende muchos pájaros de diversas tallas: el cernícalo, la carraca, el colombacchio, la lechuza, el búho común, el martinete, la abubilla, la cappelaccia, la alondra, la golondrina, el sricciolo, la passera scopaiola, el petirrojo, el ruiseñor, el saltipalo, el mirlo, el tordo bottaccio y sassello, la sterpazzolina, el occhiocotto, la curruca, el petit-lui, el pigliamosche, el codibugnolo, el paro azul, el jilguero, el arrendajo, la urraca, la corneja gris, la passera europea y la mattugia, el pinzón, el strillozo. Todas estas especies están presentes en la zona del bosque de las Murgia, y es fácil poder verlas, con un poco de paciencia y suerte. Estos bosques, que presentan una particularidad a nivel de situación geográfica, vegetación y poseen algunas pocas zonas humedas, resultan por igual muy acogedores para los pájaros migratorios: así las garzas, los alzavole, los patos salvajes, los marzaiole, las garzas y, aunque con poca frecuencia, hasta las grullas, durante su migración primaveral.