L'écosystème est représenté par les organismes vivants et le milieu. Les deux interagissent entre dans un "système oasis" créé par la pierre et sec à l'intérieur d'un paysage aride typique, où la pierre même rétablit les conditions d'humidité et de vie. En général, dans un écosystème en milieu abiotique ( sans vie) constitué par le terrain, l'eau et l'air, agissent des facteurs physiques et chimiques (température, humidité, présence de substances nutritives) qui représentent l'habitat où se développent organismes, plantes et animaux, en d'autres termes, la flore et la faune. Dans le territoire dans lequel elle est répandue l'architecture en pierre à sec, coïncidant en Pouille avec le haut plateau des Murge sud-orientaux (Murgia des Trulli), les bois représentent l'habitat naturel de beaucoup d'espèces de plantes et d' animaux. La richesse biologique des bois, qui s'explique par l'ancienne pratique du déboisement pour obtenir de la terre cultivable, est représentée avant tout par les chênaies qui se différencient selon le coté où elles se situent. Sur les flancs du Murgia des Trulli on rencontre le chêne vert, Quercus ilex L., le chêne liège, Quercus suber L., et souvent, en association, et partageant les surfaces, le chêne épineux, Quercus coccifera L.. Dans les parties plus basses, au-delà du chêne vert, le roverella apparaît, Quercus pubescens Wild. Le chêne le plus représentatif du territoire est le fragno, Quercus trojana Webb, qui dans le passé constituait un système unique seulement comparable à celui qui est présent dans la péninsule balkanique.

Le fragno est une espèce caractéristique du paysage de colline à l' intérieur des Murge. Le Fragno, en interdisant la germination d'autres espèces, tolère les basses températures des hivers et il peut être facilement distingué parmi les autres espèces qui conservent les feuilles à cette saison. Pendant la phase végétative printanière, le fragno a besoin d'assez eau. L'eau est assurée par les pluies abondantes de cette période, tandis que dans la période estivale, et puisqu'il s'agit d'une plante xérophile, il supporte l'absence prolongée de précipitations. Dans les bois on rencontre, au-delà aux chênes, d'autres essences arborescentes, meme si elles sont assez rares. Parmi les espèces à signaler: l'alaterno, le caroubier, le poirier mandorlino (calaprice), l'arbousier, le cerisier sauvage, le laurier, le figuier, outre le noyer et le châtaignier généralement répandus partout, isolés dans les champs semés, et dont on obtient des fruits et un bois d'une certaine valeur. Le sous-bois est constitué par les espèces suivantes: aubépine commune, lentisques, roses de Saint Giovanni, le genêt commun, la pivoine, et en quelques endroits le charme oriental et le noir. Dans les zones où on passe de la "macchia" à la garrigue on retrouve: le myrte, le genêt épineux, le cyste, le pungitopo, l'asperge, l'acanthe, la ronce et l'asphodèle. Les différentes espèce de cyclamen sont diffuses sur les couches d'humus. Les orchidées sauvages sont présentes elles aussi dans les Murge Nord-occidentaux (Murgia Haute). Les orchidées, de formes et de couleurs très variées, sont représentées par environ vingt mille espèces dans le monde entier. En Italie on en compte environ une soixantaine et dans le Murgia des Trullien particulier une douzaine d'espèces différentes.