Un autre élément de l'écosystème du paysage de la pierre sèche, plus difficilement observable par rapport à la végétation, est celui du monde animal qui peuple les bois du territoire. On peut identifier des mammifères appartenant à tous les principaux ordres italiens, à l'exclusion des ongulés comme les daims, cerfs et chevreuils dont on possède des mentions historiques pour les siècles derniers, quand le manteau boisé était résolument plus étendu. Les chasses que les récits historiques nous racontent, faites par les contes ou les seigneurs féodaux du temps, étaient destinées à chasser plusieurs type de gibier et en particulier le sanglier qui, dans le passé, a peuplé les bois de la Murgia. Aujourd'hui il a presque disparu, excepté dans quelques fermes où la passion de quelques agriculteurs en a introduit l'élevage. Un élevage qui se développe toujours est celui d'une race équine spéciale: le cheval murgese, qui, par le passé était très diffus.

L'habitat des bois et des espaces, riches d'éléments en pierre à sec, permet la conservation de la race, malgré qu'elle ne soit plus utilisée pour les fonctions de travail et de transport, mais seulement pour des nouvelles fonctions touristiques, du type : dressage, attache et équitation de campagne.Une race du même habitat, mais avec des risques important d' extinction, est l'âne de Martina Franca, un temps objet de commerce, également avec des pays étrangers, pour sa fonction de bête de somme.

Le mammifère le plus connu, plus présent et, dans un certain sens, plus craint par les paysans, c'est le renard. Cet animal est en repeuplement naturel, plus que toute autre espèce et, à propos de sa nocivité notoire pour les espèces avicoles. Il faut préciser que, probablement, certaines études éco-éthologiques vont battre en brèche le mythe de la dangerosité du renard pour les élevages, puisqu'il résulterait qu'ils n'entrent pas dans le bilan alimentaire du renard. De toute façon, sa fourrure caractéristique et estimée est gardée jalousement et avec fierté, dans le territoire de la Murgia, puisque le travail est réalisé localement. Des documents historiques et des légendes parlent de la présence du loup dans le territoire de la Murgia, ainsi que de l'engagement des paysans (lupari) pour le chasser. Actuellement dans cette zone il est éteint. Les récits des citadins qui y ont assisté précisent qu'un exemplaire de loup fut abattu par des chasseurs sur le territoire entre Alberobello et Noci en 1958 et puis suspendu dans le porche de l'Hôtel de Ville d'Alberobello, comme un trophée. Les autres animaux représentatifs de la faune boisée de la Murgia des Trulli sont: le hérisson, espèce considérée protégée et qui joue un rôle essentiel par rapport à l'équilibre biologique de l'écosystème du bois et des milieux agricoles adjacents, puisqu'il est un prédateur d'insectes nuisibles et de vers variés; enfin la belette et la fouine, espèces considérées comme carnassières et de grande ubiquité.

Les reptiles, les lièvres et les lapins se nourrissent d'arvicole, petits et gros rats principalement. Le lièvre et le lapin sauvage sont eux aussi présents dans la zone, mais ils sont très rares en raison de la sélection naturelle et de la pratique sportive de la chasse. La taupe, très abondante et notoirement arvicole, peut provoquer des dommages dans les potagers et dans les jardins des fermes; le taux, sûrement existant dans l'habitat du Bois des Pianelle en territoire de Martina Franca, mais qu'on peut rencontrer difficilement, à cause de sa discrétion. Le hérisson et le petit mustiolo sont aussi présents dans le bois cité. Au contraire il est facile de rencontrer, en particulier pendant les journées d'été chaudes, sur quelques-unes des espèces inoffensives de reptiles et d'amphibies: le crapaud commun et vert, le triton crestato et italique, la tortue commune, le ramarro, le lézard champêtre, le luscengola, le biacco noir, le columbro leopardino et le cervone. D'autres espèces d'animaux sont prèsents dans l'habitat forestier : entre autres on peut citer les chirotteri et, en particulier, le rinolfo majeur. L'attention prêtée par les spécialistes du monde entier pour leur fonction est considérable.

L'intérêt pour ces mammifères provient de leur rôle dans l'écosystème en tant que régulateurs des populations de quelques espèces d'insectes. Du fait du danger d'extinction dont ils sont menacés, ces chirotteri ont été inclus dans la convention de Bonn, en tant qu' espèce protégée (Convention signée par l'Italie en 1970 et ratifiée avec loi n.25/83). La faune avicole des bois locaux est très riche et elle comprend beaucoup d'oiseaux de tailles différentes: la buse, la crécerelle, le colombaccio, la chouette, le hibou commun, le martinet, la huppe, le cappellaccia, l'alouette, l'hirondelle le scricciolo, la passera scopaiola, le rouge-gorge, le rossignol, le saltipalo, le merle, la grive bottaccio, la grive sassello, le sterpazzolina, l'occhiocotto, la fauvette, le petit luì, le pigliamosche, le codibugnolo, la mésange bleue, la charbonnière, le geai, la pie, la corneille grise, la passera européenne, la passera mattugia, le pinson, le chardonneret, le strillozzo. On peut être certains qu'ils sont présents dans la zone boisée de la Murgia. En effet n'importe qui peut les apercevoir, pourvu qu'il soit patient et chanceux dans le hasard de la rencontre. Mais il y a davantage: ces bois, en raison de leur particularité de site, de végétation et parfois de zones humides rares, sont un endroit d'accueil pour les oiseaux migratoires tels que : les hérons cendrés, les alzavole, les canards sauvages, les marzaiole, les garzette et, même plus rarement, les grues pendant leurs passages printaniers.